El Departamento de Secretaría Municipal es una dependencia clave dentro del H. Ayuntamiento de Uxpanapa, cuya función principal es coordinar, ordenar y dar trámite a los asuntos administrativos y legales del gobierno municipal, fungiendo como un vínculo administrativo entre el Presidente Municipal, el Cabildo y la ciudadanía. 

Está ubicada dentro de la Presidencia Municipal y funciona como la oficina que custodia y administra los documentos oficiales del Ayuntamiento, da seguimiento a los acuerdos de gobierno y brinda atención administrativa y servicio directo a la ciudadanía y a los órganos de gobierno municipal.